정부는 중소기업의 설비투자를 촉진하기 위해 투자세액공제 제도를 운영하고 있다. 기업이 설비투자에 지출하는 경우 투자금액의 일부는 세액공제로 돌려주는 제도다. 대기업에 비해 투자여력이 충분하지 않은 중소기업의 설비투자를 촉진해 국가경제의 균형발전을 도모하고 중소기업의 경쟁력을 강화한다는 것이 취지다.

중소기업이 사업용 자산을 구매한 경우 투자로 인정한다. 운수업을 영위하는 중소기업이 사업에 사용할 차량이나 선박을 구입한 경우, 중소기업이 해당 업종의 사업에 직접적으로 연관된 소프트웨어를 구입한 경우 등이다. 판매시점 정보관리시스템 설비, 정보보호 시스템 설비를 새로 취득한 경우도 투자로 인정해 준다. 컴퓨터 운영체제, 워드프로세서, 인사·급여관리시스템 구입은 투자에 포함되지 않는다.

투자금액은 해당 과세연도에 실제 지출한 금액을 기준으로 한다. 100억원짜리 설비를 매입하는데 올해 50억원만 지불했다면 50억원을 투자금액으로 인정받을 수 있다는 의미다. 여러 해에 걸쳐 투자한 경우에는 각 과세연도마다 지출한 금액만큼 투자금액으로 인정해 준다. 

감면대상은 중소기업을 운영하는 내국인이다. 과세연도의 법인세 또는 소득세에서 투자금액의 3%를 세액공제한다. 공제율은 일반 중소기업이 3%, 신규 상장한 중소기업과 중견기업은 4%다. 

투자세액공제는 새로운 설비에 대한 투자가 원칙이다. 중고품 매입은 투자로 인정되지 않는다. 해당 설비가 현재 가동 중이어야 한다는 조건도 붙는다. 

리스로 설비를 매입하는 경우 금융리스만 투자로 인정된다. 금융리스란 리스자산의 소유에 따른 위험과 이익이 리스이용자에게 이전되는 계약을 말한다. 소유에 따른 위험과 이익이 이용자에게 이전되지 않는 운용리스는 투자에 포함되지 않는다.  

투자세액공제는 최저한세 대상이다. 최저한세란 법인이나 개인사업자가 각종 조세감면을 받더라도 최소한의 세금은 납부하게 만든 제도다. 기업 규모별로 최저한세율은 다르며 중소기업은 과세표준의 7%다. 투자세액공제 등 각종 조세감면으로 납부해야 할 세액이 과세표준의 7% 이하가 된다면 최소 7%는 납부해야 한다.

수도권과밀억제권역에 대한 투자는 투자세액공제에서 제외된다. 수도권과밀억제권역이란 서울특별시 전체와 인천광역시 일부, 경기도 의정부시, 구리시, 남양주시 일부, 하남시, 고양시, 수원시, 성남시, 안양시, 부천시, 광명시, 과천시, 의왕시, 군포시, 시흥시 일부다. 특정 지역이 과밀억제권역에 해당하는지 여부는 수도권정비계획법 시행령 9조 별표1을 참조하면 된다.