중소기업이 아닌 기업이 ‘중소기업 연구개발 조세특례’를 악용해 세액공제를 받은 사실이 적발됐다. 또 중소기업이 아닌 법인의 주식을 양도하고도 중소기업법에 적용되는 양도소득세율을 적용, 과소 신고한 사실도 드러났다.

22일 감사원에 따르면, 충남 천안의 A기업 자회사 B기업은 법인세를 신고하는 과정에서 중소기업 관련 연구개발 세액공제 등 2억여원을 공제·감면 신청했다. B기업은 지배기업인 A기업과 합산한 총 매출액이 1395억원이다.

‘조세특례제한법’에 따르면 지배·종속 관계 기업은 두 기업 모두를 합산해 상시 근로자 수가 1000명 이상이거나 매출액이 1000억원 이상일 경우 중소기업에 해당되지 않는다. 이에 따라 B기업은 중소기업이 아닌데도 중소기업 특별세액 감면을 받아 2억7000만여원을 덜 냈다.

감사원은 부당하게 중소기업 관련 세액공제를 받은 4개 기업을 적발해 법인세 4억여원을 추가징수할 것을 국세청에 통보했다.

중소기업 관련 부당 공제·감면 받은 기업

단위: %, 원 <자료=감사원>

이와함께 양도세 축소신고로 적발된 부산 C기업의 지배기업은 D기업과 E기업이다. D기업과 E기업의 C기업에 대한 지분비율이 각각 50.2%, 40%에 이른다. 지배기업인 D기업과 E기업의 평균 매출액을 합산하면 2376억원에 달한다.

‘소득세법’에 따르면 양도세율은 중소기업기본법에 따라 중소기업 주식의 경우 10%를, 중소기업 외의 주식의 경우 20%를 각각 적용한다. 아울러 ‘중소기업기본법’에 따르면 지배기업과 종속기업을 합산해 산정한 상시 근로자 수 1000명 이상이거나 평균 매출액 1500억원 이상일 경우 중소기업에 해당하지 않는다.

이처럼 C기업은 중소기업이 아닌데도 중소기업 양도세율 10%를 적용해 F씨에게 2만주를 양도, 신고했다. C기업이 정당세율(20%)을 적용했을 때보다 4000만여원을 덜 낸 셈이다. 국세청은 F씨를 포함 5명을 적발해 양도세 추가징수 결정을 내렸다.

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