기존 중소기업 뿐만 아니라, 기술개발을 막 시작한 창업기업이나 창업벤처기업들도 연구개발(R&D) 조세지원 제도를 활용하기 어렵기는 마찬가지다. 창업기업의 경우 초기에는 수익에 비해 투자가 많아, 세금이 발생하지 않는 경우가 많기 때문이다. 즉 조세지원이 있어도 실질적으로 그 혜택을 받을 수 없는 여건이라는 얘기다.

현행 창업중소기업 등에 대한 세액감면율은 과세연도 개시일로부터 4년까지 발생한 소득의 50%다. 또 창업벤처기업으로 인정받기 위해서는 연구 및 인력개발 비용이 해당 과세연도 수입금액의 5%이상으로 정해 소득이 있어야 한다. 하지만 국세청에 따르면, 2015년 기준 신규 창업기업 중 결손기업 비중이 53.2%다. 또 창업 3년 후 생존율은 41%로 OECD 17개 주요 회원국 중 최하위다. 조세지원 혜택을 받을 정도로 기업이 성장하기도 전에 이미 절반 이상의 기업이 사라지고 만다.

공제금액·공제기업 적은 산학연 협력 R&D 조세지원

산·학·연 협력을 통한 R&D 조세지원 제도의 활용도 역시 미흡하다. ‘기술이전 및 기술취득 등 과세특례’의 경우 2015년 법인실적 기준 중소기업 123개사가 7억원의 혜택을 받았다. ‘기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제’의 경우에도, 중소기업 1개사만이 1억원을 공제받았을 뿐이다.

창업기업의 경우 초기에 수익이 적고 투자가 많아 세금이 발생하지 않기 때문에 실질적으로 조세지원 혜택을 받을 수 없는 여건이다. 또 조세지원 혜택을 받을 정도로 기업이 성장하기도 전에 절반 이상의 기업이 사라진다.<이미지 출처=이미지투데이>

이와 관련 중소기업중앙회 한 관계자는 “비용도 크고, 함께 하는 기관 사정에 따라 기술개발이 지체되기도 하며, 어디서 정보를 얻어야 하는지도 몰라 참여율이 낮을 수 있다. 산·학·연 R&D 참여율을 높이기 위해서는 제도 개선이 필요한 이유”라고 했다. 기술적 지원과 함께 적절한 파트너를 연결해야, 산·학·연 R&D 참여도와 조세지원 제도 활용률을 높일 수 있다는 얘기다.

中企 인력난에 조세지원 헛돌아…외국 지원제도 참조를

또 중소기업이 R&D를 수행하는데 가장 큰 어려운 것 중 하나는 인력부족이다. 하지만 현재 조세지원 제도는 기업이 중심이고, 인력에 대한 조세지원은 부족하다.

중소기업 연구전담요원에 대한 비과세율은 급여와 별개로 지급된 연구활동비 또는 보조비의 5%에 불과하며, 한도는 월 20만원 수준이다. 급여와 별개로 100만원을 지급해야 최대 혜택을 받는다. 또 인력개발비 세액공제가 허용되는 위탁훈련비 지원대상은 종업원 전체에서 연구업무에 종사하는 연구요원만으로 축소됐다. 조세지원을 통해 대·중견기업과 동일한 수준은 아니더라도 비슷한 수준의 임금을 보장해줘야, 중소기업도 인력확보가 그나마 용이하다. 지불여력이 부족한 상태에서 현행 조세지원 제도만으론 대기업과 중소기업간 임금격차를 줄이는데 한계가 있다.

중기중앙회 한 관계자는 이와함께 “중소기업은 연구개발을 해도 실제 이를 재무제표에 정확히 기재하지 못해 지원받지 못하는 경우도 있다”며 “관리가 쉽지는 않겠지만, 연구개발에 사용되는 비용을 정확히 관리·측정하는 것이 R&D 조세지원을 활용하는 기본”이라고 조언했다.

한편 미국, 일본, 영국, 프랑스 같은 경우 한국과 달리 2009년 이후 R&D 조세지원 제도를 확대하고, 또 제도의 문제점을 보완해 가고 있다.

미국은 R&D 조세지원 제도에 일몰기한이 없으며, 중소기업 R&D 비용에 대해서는 최저한세와 관계없이 공제한다. 일본은 R&D 투자비용 공제적용 방식에서 당기분을 기본공제로 하고, 증가분을 인센티브로 추가공제하는 혼합형으로 운용한다. 영국은 결손 중소기업 혹은 아직 거래를 시작하지 않은 기업을 대상으로 현금공제를 해준다. 프랑스는 신규박사 학위자를 채용할 때 R&D 세액공제율을 두 배 적용한다.

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