중소기업간 통합으로 인해 ‘소멸되는 사업장의 중소기업자(이하 소멸중소기업자)’가 통합 후 ‘존속하는 법인 또는 신설되는 법인(이하 통합법인)’에 양도한 사업용고정자산은 양도소득세 이월과세가 적용된다. 다만, 사후관리 규정을 위반하면 2개월 이내에 이월과세액을 납부해야 한다.

이월과세가 적용되는 중소기업간 통합…사업의 동일성 유지해야

이월과세가 적용되는 중소기업간 통합은 중소기업자가 자신의 사업에 사용하는 주된 자산을 통합법인에 양도해 사업의 동일성이 유지되는 것을 의미한다. 단, 소멸중소기업자가 통합법인 주주 또는 출자자여야 하며, 통합법인은 통합 이전 시점을 기준으로 법인설립이 1년이상 돼야 한다. 소멸중소기업자가 취득하는 주식, 지분가액은 해당기업 순자산가액 이상이여야 한다. 

<그래픽=조한무 기자>   ©중기이코노미

소비성서비스업일 경우에는 이월과세가 인정되는 중소기업간 통합 적용대상에서 베제한다. 이월과세는 기업 자금운용에 여유를 주기 위해, ‘새로 취득한 주식을 매각할 때까지’ 세금납부기한을 연장하는 것을 말한다.

소멸중소기업자가 주식·지분 50%이상 처분시 이월과세 적용해지

사후관리를 위반하면 이월과세 적용을 해지한다. 통합법인이 사업용고정자산을 양도받은 날부터 5년 이내에 승계받은 사업을 폐지하거나, 소멸중소기업자가 보유 주식 또는 출자지분 50% 이상을 처분하면, 사유발생일로부터 2개월 이내에 이월과세액을 납부해야 한다. 또 통합법인이 승계받은 사업용고정자산을 50%이상 처분하거나 사업에 사용하지 않으면 사업폐지로 본다. 이월과세를 적용할 때 적용대상자산의 취득가액은 취득당시 실지거래가액으로 한다.

중소기업간 통합시 잔존 감면기간도 승계된다. 창업중소기업과 창업벤처중소기업, 농공단지나 지방중소기업 특별지원지역 입주기업으로부터 승계받은 사업에서 발생하는 소득 또는 승계받은 사업용재산에 대해서는 통합 당시 잔존 감면기간을 그대로 유지한다. 예컨대 창업벤처중소기업 A사의 법인세 감면기한이 2020년이면, 2018년 통합했더라도 2020년까지 세제지원을 받을 수 있다. 

이월과세는 납세자가 개인에서 법인으로 변경되기 때문에 납세자의 명확한 의사표시가 있어야 한다. 이월과세를 적용받기 위해서는 통합일이 속하는 과세연도의 과세표준을 신고할 때, 이월과세적용신청서를 납세지 관할세무서에 제출해야 한다.

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