경기도 안산에 위치한 한 절삭가공기업은 소재표면 분사기술을 개발해 매출이 급상승하면서 지속적인 성장을 거듭하고 있다. 그러나 기술개발에 따른 연구개발비 지출 등으로 자금문제가 발생, 이를 해결하기 위해 이곳 저곳을 알아보던 중 기업부설연구소 인가를 받으면 연간 연구개발비의 25% 세액공제 감면 혜택을 받을 수 있다는 것을 알게 됐다. 또 자금지원, 국가연구개발사업 지원 등도 가능하다는 사실도 뒤늦게 전해 들었다.

이 기업은 부설연구소를 설립하고 인가를 받아, 결산 확정시 2000만원의 법인세액 추가공제를 받을 것으로 예상된다. 또 올해 국가연구개발사업을 준비하고 있고 이에 따라 연구 전문인력의 애사심도 커져 사업추진에 탄력을 받고 있다.

제조업 또는 지식기반서비스업을 영위하는 중소기업의 경우 인가받은 연구소나 전문인력이 없더라도 신제품개발, 공정개선, 신기술개발 등이 이뤄지고 있는 경우가 많다. 회사가 연구소 설립조건이 충분히 되는데도 지원제도를 잘 몰라 혜택을 받지 못하는 경우다. 세제혜택은 물론 각종 국가연구개발사업에 참여할 경우 연구소 설립을 우대하고 있다.

제조업 또는 지식기반서비스업을 영위하는 중소기업의 경우 인가받은 연구소나 전문인력이 없더라도 신제품개발, 공정개선, 신기술개발 등이 이뤄지고 있는 경우가 많다. 회사가 연구소를 설립하면 기술개발·혁신을 통해 경쟁력을 높일 수 있을 뿐만 아니라 세제혜택 등 각종 지원도 받을 수 있다.   ©중기이코노미

연구개발 전담부서만 있어도 세액공제 혜택 

중소기업은 현실적으로 기술인력 확보가 어렵고 기술 연구개발에 대한 지속성도 약하다. 따라서 중소기업의 기술경쟁력을 높이기 위해 정부에서는 학사이상 기술인력이 1명 이상만 있어도 독립된 연구공간을 확보하고 있으면 연구개발전담부서로 인정하고 있으며 각종 혜택을 주고 있다.

연구소가 있는 경우와 비교하면, 전담부서는 국가연구개발사업이나 병역특례 등에서 혜택이 일부 제한되지만 연구 및 연구인력에 대한 세액공제 등은 똑같이 혜택을 받을 수 있다. 전담부서 조건이 되면 우선 설립하고 추후 연구인력을 충원하거나 벤처확인을 추가로 받아 연구소로 새로 인가를 받는 방법도 하나의 대안이 될 수 있다.

정부 지원제도는 당연히 기술경쟁력 향상을 위해서 이지만, 중소기업을 운영하면서 놓쳐서는 안 될 다양한 혜택도 있으니 꼼꼼하게 살펴봐야 한다.

연구 및 인력개발을 위한 시설 또는 신기술의 기업화를 위한 시설에 투자(중고품에 의한 투자를 제외)하는 경우에는 당해 투자금액의 10%에 상당하는 금액을 그 투자를 완료한 날이 속하는 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세) 또는 법인세에서 공제가 가능하다.(연구 및 인력개발 설비투자 세액공제)

기업부설연구소용으로 직접 사용하기 위해 취득하는 부동산(부속토지는 건축물 바닥면적의 7배 이내의 것에 한함)에 대해서는 취득세 및 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 기업부설연구소용으로 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세를 면제해준다. 기업부설연구소용 부동산에 대해 지방세를 면제해 주는 제도다. 그러나 연구소 설치 후 4년 이내에 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용할 경우에는 면제된 취득세를 추징하기 때문에 주의해야 한다.

또 연구개발 관련 출연금 등 과세특례는 연구개발 등을 목적으로 기술개발촉진법 등에 의한 출연금 등의 자산을 지급받고 구분경리 하는 경우 해당금액을 과세연도의 소득금액 계산시 익금에 산입하지 않을 수 있도록 했다.

이와함께 중소·벤처기업의 기업부설연구소에 근무하는 연구전담요원이 받는 연구보조비 또는 연구활동비 중 월 20만원 이내의 금액을 소득세에서 비과세하는 제도도 알아둘 필요가 있다.(연구전담요원 연구활동비 소득세 비과세)

병역특례(전문연구요원제도)는 일정기준을 갖춘 기업부설연구소가 신규 채용하는 연구전담요원에 대해 배정된 인원 내에서 병역의무를 면제하는 제도로 이를 통해 고급연구인력 활용이 가능하다.

창업 3년이내 소기업 연구소, 전담요원 2명이면 OK

이밖에도 중소기업 판정시의 특별조치로 상시 근로자수 산정시 연구전담요원을 종업원 수에서 제외시킴으로써 예외적으로 우대하고 있다. 법인세를 공제하거나 감면해주더라도 최소한의 세금을 납부하도록 하는 제도를 최저한세라 하는데 연구 및 인력개발비 세액공제는 최저한세의 제한에서도 일부 배제되고 있다.

또 기업부설연구소를 인가받은 설립 만 3년 미만의 기업이 연구개발비를 5000만원 이상 지출했다면 세무회계사무소 확인 후 연구개발 벤처기업으로 지정 가능하다. 이에 대한 법인세 또는 소득세의 50% 감면 혜택이 주어진다. 단 법인 또는 개인사업자 설립 후 만 3년 이내 벤처기업 지정을 받아야 하며 지정 후 4년간 법인세 감면이 가능하다.

아울러 기업부설연구소 인정요건이 완화돼 올 1월1일부터 소기업은 3명 이상의 연구전담요원을 확보해야 하지만 창업 후 3년 이내면 2명 이상의 연구전담요원만 확보하면 된다. 연구공간도 30㎡이하인 경우 칸막이 등으로 다른 부서와 구분하면 연구공간으로 인정받을 수 있다.

중견기업의 경우에는 연구전담요원 확보기준이 10명 이상에서 7명 이상으로 완화되고, 중소기업에게 허용되는 자격을 갖추고 연구전담요원으로 근무하던 자는 중견기업이 된 후에도 계속해서 근무하는 경우 연구전담요원자격을 인정받는다.

기업부설연구소로 인정하는 지식기반서비스 분야 업종도 확대됐다. 출판업, 영화·오디오 기록물 제작업, 부가통신업, 광고업, 창작·예술관련 서비스업 등이 추가된다.

중소기업의 경쟁력은 근본적으로 기술혁신에서 시작한다. 경쟁력을 높이기 위해서는 기술혁신을 뒷받침할 수 있는 기업부설연구소가 그 기능을 충분히 수행함으로써 가능할 것이다.

끝으로 소득이 있는 곳에 세금을 부과하는 것은 세무당국의 고유권한이므로 연구인력에 대한 세액공제는 연구에 전담하는 인력에 한해 적용이 가능하다는 R&D 규정을 준수하고, 조세특례제한법은 기업들의 세제감면을 통한 경제활동을 지원하는 제도인 만큼 기업들은 법이 정한 원리원칙을 지키는 것이 중요하다.[(주)국제그린경영컨설팅 유승우 이사/경영지도사]

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