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연구·인력개발비 세액공제 사전심사 제도 도입

신고내용 확인 대상에서 제외하고, 과소신고가산세 면제 

기사입력2020-01-13 14:26

A 법인의 연구원 가운데 일부는 홍보나 영업을 겸직하는 등 연구를 전업으로 수행하지 않았다. 그러나 이 법인은 모든 연구원의 인건비에 대해 연구·인력개발비 세액공제를 신고했다. 국세청은 일부 연구원이 연구와 직접 관련이 없는 업무를 겸직한다는 사실을 확인하고, 한국산업기술진흥협회에 연구원으로 등재하지 않은 인원의 인건비 과다공제액을 경정 고지했다.

이처럼 기업이 연구·인력개발비 세액공제를 잘못 신고했다 추후 가산세를 추징당하는 일을 방지하기 위해, 국세청이 2020년부터 연구·인력개발비(R&D) 세액공제 적정 여부를 사전에 확인해주는 제도를 시행한다고 13일 밝혔다.

국세청이 불확실성 해소를 목적으로 연구·인력개발비 세액공제 사전심사 제도를 도입한다.<자료=국세청>
연구·인력개발비 세액공제는 연구소를 운영하거나 타기관과 공동연구하면서 인건비, 재료비 등을 지출한 경우 당해 과세연도의 법인세(소득세)에서 공제대상 금액을 차감하는 조세지원 제도다.

연구·인력개발비 세액공제는 기업 입장에서 조세절감 효과가 큰 반면, 세액공제 해당여부나 공제 가능금액에 대해서는 과세관청과 납세자 간 이견이 많은 항목 중 하나다. 추후 세무조사 등으로 세액공제가 잘못된 것으로 확인되면, 수년간 공제받은 금액에 가산세까지 포함해 추징되는 사례가 발생하므로 납세자에게 큰 부담이 될 수도 있다.

이에 따라 국세청은 사전심사 제도를 도입해 “세무상 불확실성을 해소하고, 기업이 연구·인력개발 활동에만 전념할 수 있도록 지원하겠다”고 밝혔다.

사전심사 신청 시 신청인이 수행한 연구·인력개발 활동이 세법에서 규정한 연구·인력개발의 요건에 맞는지, 지출한 비용이 세액공제를 적용받을 수 있는지 여부를 검토하며, 서면심사를 원칙으로 진행한다. 심사 담당자는 신청인에게 주요 검토사항과 향후 진행과정 등을 충분히 설명하고, 연구·인력개발비 세액공제에 대한 컨설팅을 제공할 예정이다.

신청인이 사전심사 결과에 따라 법인세(소득세)를 신고한 경우 신고내용 확인 대상에서 제외되고, 이후 심사 결과와 다르게 과세처분된 경우 과소신고가산세가 면제된다. 단 심사과정에서 부정확한 서류를 제출하거나, 사실관계의 변경·누락 및 탈루 혐의가 있는 경우는 제외된다.


연구·인력개발비 세액공제 사전심사를 받고자 하는 내국법인과 거주자는 법인세(소득세) 과세표준 신고 전까지 홈택스, 우편, 방문접수를 통해 신청할 수 있다. 또한 이미 지출한 비용뿐만 아니라 지출 예정비용에 대해서도 사전심사를 신청할 수 있고, 금액제한은 없다. 중기이코노미 이창호 기자

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