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사전심사 서류 간소화로 ‘R&D 세액공제’ 쉽게

중기 3만6천곳 받은 연구비 세액공제 사전심사로 가산세 부담 완화 

기사입력2022-01-26 14:54
국세청은 올해부터 연구·인력개발비 세액공제 사전심사에 필요한 신청서류를 간소화한다고 최근 밝혔다. 

그 동안 사전심사를 진행하면서 업무 담당자별로 요구하는 증빙서류가 다르고, 범위도 너무 많다는 의견을 반영해 ‘공제대상 연구·인력개발비임을 증명하는 서류’는 사전심사에 필요한 서류로 한정해 명확하게 했다는 설명이다. 

또, 연구노트 작성사례와 그 동안 수행한 사전심사를 토대로 세액공제 인정·불인정 사례를 국세청 누리집에 게재했다. 앞서 2020년 1월1일부터 연구·인력개발비 세액공제를 적용 받으려면 연구개발계획서, 연구개발보고서 및 연구노트 등 증거서류 작성과 5년간 보관이 의무화됐는데, 이에 어려움을 겪는 기업들을 지원하기 위한 조치다. 

연구·인력개발비 세액공제란 내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비로 지출한 금액에 일정 비율을 곱한 금액을 법인세 또는 소득세에서 공제하는 제도다. 공제 비율은 신성장·원천기술 연구개발비, 국가전략기술 연구개발비, 일반 연구·인력개발비로 구분해 차등 지원한다. 

최근 연구·인력개발비 세액공제를 받은 중소기업 수는 2018년 2만8834개에서 2019년 3만2669개, 2020년 3만5999개로 증가세를 이어가고 있다. 

연구·인력개발비 세액공제는 조세절감 효과가 큰 반면, 연구·인력개발 활동 여부와 공제대상 비용 범위에 대해 납세자와 과세관청 간 이견이 종종 발생해왔다. 세무조사 등으로 세액공제가 잘못 신고된 것으로 뒤늦게 확인되는 경우 수년간 공제받은 세액은 물론 가산세까지 추징될 수 있다.

이에 국세청은 2020년부터 사전심사 제도를 도입한 것이다. 공제를 받고자 하는 납세자가 신청하면, 세액공제의 적정 여부를 국세청이 사전에 확인해주는 제도다. 이를 통해 세무상 불확실성을 해소하고 가산세 부담을 완화하겠다는 취지다. 

연구·인력개발비 세액공제는 조세절감 효과가 큰 반면, 연구·인력개발 활동 여부와 공제대상 비용 범위에 대해 납세자와 과세관청 간 이견이 종종 발생해왔다. <이미지=이미지투데이>
◇사전심사 신청, 법인세 신고전까지 가능=사전심사를 의무적으로 신청해야 하는 것은 아니며, 사전심사를 거치지 않더라도 납세자의 판단에 따라 세액공제 대상으로 신고할 수 있다. 

사전심사를 원할 경우, 법인세 또는 소득세 신고 전까지 신청하면 된다. 신고시 연구·인력개발비 세액공제 신청을 누락한 부분은 경정청구, 수정신고, 기한 후 신고 전까지 신청할 수 있다. 홈택스와 우편, 방문접수가 모두 가능하다. 

연구·인력개발을 위해 이미 지출한 비용뿐만 아니라 지출 예정 비용도 신청 가능하며, 여러 가지 연구과제가 있는 경우 특정과제에 대해서만 신청하는 것도 가능하다.

세액공제를 이미 신청한 사항, 보완 요구에 대해 보완하지 않은 사항, 정당한 사유 없이 답변·자료 제출을 거부하는 사항 등의 경우 심사 제외될 수 있다.

국세청은 사전심사를 신청한 연구·인력개발비에 대해 기술과 비용 측면에서 세액공제 적정 여부를 검토한다. 신청인이 수행한 연구개발 활동이 조세특례제한법의 연구개발에 해당하는지 여부(기술검토), 연구·인력개발에 지출한 금액이 조세특례제한법에서 정한 공제 대상 금액인지 여부(비용검토)를 모두 살핀다. 

기술검토 중에서 신성장·원천기술과 국가전략기술은 한국산업기술진흥원이, 일반 연구·인력개발비는 국세청이 각각 담당하고, 비용검토는 국세청이 모두 담당한다.

기업규모별로 구분해 중소기업에 대해서는 각 지방국세청 법인세과 전담팀에서, 중견기업과 대기업은 본청 공익중소법인지원팀에서 심사한다. 

심사는 신청인의 편의를 위해 비대면 방식의 서면심사를 원칙으로 진행한다. 제출서류에 의해 사실관계가 정확히 확인되지 않는 경우에는 보완을 요구하거나 현장확인이 진행될 수 있다.

심사 담당자는 신청인에게 사전심사의 주요 검토사항 및 향후 진행과정 등을 충분히 설명하고, 연구·인력개발비 세액공제에 대한 세무컨설팅을 제공한다. 심사결과에 이의가 있는 경우 1회에 한해 재심사를 청구할 수 있다.

신청인이 사전심사 결과에 따라 세액공제 금액을 반영해 법인세 또는 소득세를 신고한 경우, 사전심사 신청 내용에 대해서는 신고내용 확인과 감면사후관리 대상에서 제외하는 혜택이 제공된다. 

또, 세무조사 등으로 인해 심사 결과와 다르게 과세처분이 되더라도 과소신고 가산세가 면제된다. 

국세청은 기업이 세액공제 적정여부를 스스로 판단하는데 도움이 되도록 연구·인력개발비 세액공제 사전심사 가이드라인을 배포해 성실신고를 지원하겠다고 밝혔다. 중기이코노미 이창호 기자

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